1、现行的预算科目体系弊端
      随着社会主义市场经济体制的完善和公共财政体制的逐步确立，现行科目体系的弊端也越来越明显：
      一是与市场经济体制下的政府职能转变不相适应。目前我国社会主义市场经济体制已基本建立，政府职能发生了很大转变，财政收支结构也发生了很大变化。但作为反映政府职能活动需要的预算收支科目，却明显带有过去政府代替市场配置资源的色彩。
      二是不能清晰反映政府职能活动。在市场经济条件下，政府的重要职能，就是要弥补市场缺陷，满足社会公共需要，讲求公开、透明。但我国现行预算支出科目主要是按“经费”性质进行分类的。这种分类方法使政府究竟办了什么事在预算上看不出来，往往造成“外行看不懂，内行说不清”。
      三是财政管理的科学化和财政管理信息化受到制约。我们现在还缺乏一套完整的支出经济分类科目体系，这对细化预算编制，加强预算单位财务会计核算，以及提高财政信息化水平都带来一定的制约。
      四是财政预算管理和监督职能弱化。现有《政府预算收支科目》只反映财政预算内收支，不包括应纳入政府收支范围的预算外收支和社会保险基金收支等，给财政预算全面反映政府各项收支活动，加强收支管理带来较大困难，尤其是不利于综合预算体系的建立，也不利于从制度、源头上预防腐败。
      五是与国民经济核算体系和国际通行做法不相适应，既不利于财政经济分析与决策，也不利于国际比较与交流。

2、政府收支分类改革的出台过程
       财政部从1999年底开始启动政府收支分类改革的研究工作，经过反映修改和完善，于2004年度形成了《政府收支分类改革方案》。
      考虑到政府收支分类的涉及面很广，环节也比较多，比较复杂，2005年财政部专门选择了比较有代表性的天津、河北等五个地区及交通部、科技部等六个中央部门进行模拟试点。
2005年12月27日，改革方案得到国务院正式批准，标志着政府收支分类改革正式进入实施阶段。

3、改革的主要内容
      新的政府收支分类主要包括三个方面的内容，即收入分类、支出功能分类和支出经济分类：
      第一，对政府收入进行统一分类。收入分类总体上讲，变化不是很大。具体的变化主要是三个方面：一是扩大了范围，二是体系上做了调整，三是科目层次更为细化。新的收支分类可以清晰地反映政府各项收入的具体来源。
       第二，建立新的政府支出功能分类体系。这是这次科目改革的核心。为什么这么说呢？因为这是思路上的变化。过去我们的支出总体上是按经费性质分类的，是抽象的。新的支出功能分类则从根本上作了改变，政府各项支出能直接从科目上看出来。政府的钱做了什么事，做每项事花了多少钱，在预算上就能清楚地反映出来，老百姓也就看得懂了。
      第三，建立新型的支出经济分类体系。比如用于小学教育的支出，究竟是盖了校舍还是发了工资，就要通过经济分类来反映。全面、明细的支出经济分类为加强政府预算管理、部门财务管理以及政府统计分析提供了重要工具和手段。